Många miljöföroreningar-metaller, bekämpningsmedel och herbicider och radioaktivt avfall, till exempel—har direkta och indirekta effekter på både amfibier och reptiler (t.ex. Hinton och Scott 1990, Hall och Henry 1992). Amfibier har varit föremål för många ekotoxikologiska studier, inklusive bedömning av de direkta effekterna av föroreningar som gödselmedel (Marco et al. 1999) eller de mer subtila effekterna av steroid-mimicking föroreningar (Hayes 1997). Reptiler studeras mycket mindre än amfibier med avseende på öde och effekter av föroreningar (Hopkins et al. 1999), men de har fått tillräcklig toxikologisk studie för att ge övertygande bevis för att vissa enskilda reptiler påverkas negativt av många föroreningar (Hall 1980, Fontenot et al. 1994). Till exempel, reglaget sköldpaddor (Trachemys scripta) utsätts för metall och radioisotop föroreningar ådrar genetiska skador (Lamb et al. 1995). I vilken utsträckning föroreningar orsakar effekter på populationsnivå är i stort sett okända, både för amfibier och för reptiler.

Kontaminerande effekter i reptiler är kända främst från sköldpaddor och krokodiler. Många sköldpaddor och krokodiler, eftersom de har miljömässig sexbestämning och stora ägg som kan innehålla höga nivåer av miljöföroreningar, är särskilt känsliga för endokrinstörande kemikalier (Guillette och Crain 1996). På vissa förorenade områden ackumuleras sköldpaddor PCB (polyklorerade bifenyler), dieldrin och andra föroreningar i vävnader och ägg (Bishop et al. 1994, Cobb och Wood 1997); sexomvandling och onormala gonader har hittats i sköldpaddor utsatta för PCB (Bergeron et al. 1994, Guillette et al. 1995). Manliga amerikanska alligatorer (Alligator mississippiensis) som bor i Lake Apopka, en kemiskt förorenad sjö i Florida, hade signifikant minskat plasmatestosteronnivåerna och permanenta gonadala förändringar (Guillette et al. 1994).

Även icke-dödliga effekter av endokrina störningar på reptiler kan leda till demografiska förändringar vars konsekvenser för populationer förmodligen är skadliga. Effekter på befolkningsnivå kan också uppstå genom förändringar i mönster för individuell energitilldelning. Till exempel, i kol-aska förorenade våtmarker, vatten ormar (Nerodia fasciata) med hög kropp bördor av metallföroreningar uppvisar förhöjda metaboliska hastigheter, vilket kan leda till mindre energi ägnas åt reproduktion, tillväxt och lagring (Hopkins et al. 1999)